Disleksinin nedenleri tam olarak bilinmemektedir. Gelişimin erken bir döneminde beyin fonksiyonlarını engelleyici bir etki yapan herhangi bir sürecin (genetik etkenler, konjenital faktörler, prenetal hasar, prenetal zorluklar, beyin hasarı gibi), öğrenme güçlüklerine neden olabileceği ileri sürülmektedir.
En çok kabul gören teoriye göre; disleksi daha en baştan itibaren beyin kaynaklıdır, bazı beyin bölgelerinde bilgi işleme süreçlerinde sorunlar yaşanmaktadır.